Giải bóng đá U17 Quốc gia-Cúp Báo Bóng Đá 2009 thu hút sự tham dự của tổng cộng 23 đội bóng trẻ của các câu lạc bộ Ngoại hạng, hạng Nhất, hạng Nhì Quốc gia, các tỉnh, thành, ngành và các trung tâm đào tạo trên cả nước.
 
Căn cứ vào các đội đăng ký tham dự vòng loại, Ban tổ chức giải chia thành 4 bảng, cụ thể như sau:
 
Bảng A: Chọn 2 đội vào Vòng chung kết, do Trung tâm đào tạo bóng đá Viettel làm bảng trưởng, gồm 7 đội - Trung tâm bóng đá Viettel, Hòa Phát Hà Nội, Ninh Bình, Quân Khu 4, Quảng Ninh, T&T Hà Nội và Trung tâm bóng đá Hải Phòng.
 
Bảng B: Chọn 1 đội vào Vòng chung kết, do Đoàn bóng đá Thừa Thiên Huế làm bảng trưởng, gồm 4 đội - Thừa Thiên Huế, Bình Định, Hà Tĩnh và SHB Đà Nẵng.
 
Bảng C: Chọn 2 đội vào Vòng chung kết, do Trung tâm Thể dục thể thao Thành Long làm bảng trưởng, gồm 8 đội - Thành phố Hồ Chí Minh, Bình Phước, Bình Thuận, câu lạc bộ Việt - Hàn, Đồng Nai, Khánh Hòa, Long An và Trường năng khiếu nghiệp vụ Bình Dương.
 
Bảng D: Chọn 1 đội vào Vòng chung kết, do Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch Cà Mau nhận đăng cai làm bảng trưởng, gồm 4 đội - Cà Mau, Bến Tre, Đồng Tháp và Tiền Giang.
 
Ba bảng A, B, D thi đấu theo thể thức vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng. Bảng C (gồm 8 đội) chia thành 2 nhóm (4 đội/nhóm) thi đấu vòng tròn một lượt, chọn 2 đội xếp thứ Nhất và Nhì mỗi nhóm vào thi đấu Bán kết, chọn 2 đội thắng bán kết được quyền tham dự Vòng chung kết.
 
Tại vòng chung kết, 6 đội vượt qua vòng loại sẽ cùng 2 đội được được ưu tiên miễn thi đấu vòng loại là Đương kim vô địch Sông Lam Nghệ An và chủ nhà Nam Định chia thành 2 nhóm A và B (4 đội/nhóm) thi đấu vòng tròn một lượt ở mỗi nhóm để tính điểm, xếp hạng. Hai đội Nhất, Nhì tại mỗi nhóm giành quyền thi đấu tại Bán kết theo thể thức loại trực tiếp 1 trận. Hai đội thắng bán kết được thi đấu chung kết. Hai đội thua bán kết cùng xếp thứ 3.
 
Theo kế hoạch, các trận đấu vòng loại sẽ diễn ra từ 10 - 30/6. Vòng chung kết được tổ chức tại sân vận động Thiên Trường (Nam Định) từ 8 - 18/7./.

(TTXVN/Vietnam+)