Quân đội Guinea-Bissau đã bác bỏ dư luận cho rằng quân đội đã tiến hành đảo chính với việc sát hại Tổng thống Joao Bernado Vieira ngày 2/3.
 
Tư lệnh lực lượng hải quân Jose Zamora Induta tuyên bố Tổng thống Vieira bị một nhóm binh sĩ chưa xác định danh tính sát hại ngày 2/3, và vụ việc hoàn toàn không liên quan tới việc Tổng tham mưu trưởng quân đội Tagme Na Waie thiệt mạng trong vụ đánh bom ngày 1/3.
 
Trước đó, các lực lượng an ninh cho rằng vụ sát hại Tổng thống Vieira có thể là để trả thù cái chết của Tướng Waie. Sau khi ông Vieira bị sát hại, quân đội đã lập các trạm kiểm soát xung quanh thủ đô Bissau, phong tỏa các tuyến đường chính dẫn nước láng giềng Senegal và căn cứ quân sự gần sân bay quốc tế. Quân đội tuyên bố "tình hình đã được kiểm soát" và cảnh báo sẽ không khoan nhượng những kẻ gây rối trật tự.
 
Theo ông Induta, ủy ban quân sự gồm các tư lệnh lực lượng hải lục không quân, được thành lập tối 1/3, đã hội đàm với Thủ tướng Carlos Gomes Junior và đã cam đoan với Thủ tướng rằng quân đội sẽ trung thành với các nguyên tắc dân chủ cũng như tôn trọng hiến pháp.
 
Thủ tướng Junior xác nhận quân đội không tiến hành đảo chính và Guinea-Bissau sẽ để quốc tang 7 ngày tưởng niệm Tổng thống và Tổng tham mưu trưởng quân đội. Theo Hiến pháp Guinea-Bissau, Chủ tịch quốc hội Raimundo Perreira sẽ tạm thời lãnh đạo đất nước và sẽ tổ chức một cuộc bầu cử tổng thống trong vòng 60 ngày.
 
Giới phân tích nhận định vụ sát hại Tổng thống Vieira có thể báo hiệu một thời kỳ chuyển tiếp đầy bất ổn, với sự tranh giành quyền lực gay gắt giữa các đối thủ chính trị, tại đất nước vốn đã kiệt quệ bởi các cuộc xung đột, đảo chính liên miên kể từ khi giành độc lập từ Bồ Đào Nha năm 1974, nguyên nhân chủ yếu xuất phát từ sự chia rẽ sắc tộc.
 
Mâu thuẫn giữa Tổng thống Vieira và Tướng Waie bắt nguồn từ một cuộc nổi dậy của quân đội chống Tổng thống trong những năm 80 của thế kỷ trước. Tổng thống Vieira thuộc bộ tộc Papel chỉ chiếm 5% dân số Guinea-Bissau. Ông lên nắm quyền sau một cuộc đảo chính năm 1980, bị quân đội lật đổ năm 1999 sau cuộc nội chiến và phải sống lưu vong ở Bồ Đào Nha. Ông về nước đ