Ủy ban sông Mekong Việt Nam có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành, liên quốc gia trên lưu vực sông Mekong.
Tiểu ban lưu vực sông Cửu Long và Tiểu ban lưu vực sông Sê San-Srêpốk có trách nhiệm nghiên cứu, đề xuất giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành, liên quốc gia trên lưu vực sông.
Văn phòng Ủy ban sông Mekong Việt Nam tăng cường phối hợp với các cơ quan liên quan để tham mưu, đề xuất cơ chế tăng cường hợp tác với các quốc gia thành viên Ủy hội sông Mekong quốc tế.
Phó Thủ tướng Chính phủ Trịnh Đình Dũng đảm nhận chức danh Chủ tịch Ủy ban sông Mekong Việt Nam, Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Trần Hồng Hà đảm nhận chức danh Phó Chủ tịch Thường trực.
Ủy ban sông Mekong Việt Nam có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành, liên quốc gia trên Lưu vực sông Mekong.