Sau nhiều lần nỗ lực lặn tìm kiếm trong xác tàu ở độ sâu khoảng 40 mét, sáng 14/6, đội thợ lặn đã phát hiện thi thể đầu tiên lúc 7 giờ 15 phút, sau đó 3 thi thể còn lại cũng được phát hiện.
Lúc 22 giờ ngày 12/6, tàu cá TH 93899 TS đã đưa 4 thợ lặn và thiết bị lặn ra hiện trường và đến 9 giờ 10 phút cùng ngày thì phát hiện xác tàu cá TH 90282 TS.
Tàu tìm kiếm cứu nạn chuyên dụng SAR 411 đã tổ chức đánh dấu vị trí, cử phương tiện cảnh giới tại nơi phát hiện một đầu lưới đánh cá tại khu vực gần vị trí tàu chìm, nghi là của tàu TH 90282 TS.
Trong số 7 ngư dân trên tàu cá TH 90282 bị tàu chở hàng đâm chìm, lực lượng chức năng đã vớt được thi thể 1 người tử vong, 2 người bị thương đã được cứu hộ lên tàu, 4 người còn lại vẫn mất tích.