Tuy giải bóng đá U19 quốc gia năm 2010 mới diễn ra được vài vòng đấu đầu tiên, nhưng ban tổ chức giải đã phải ra tới 8 quyết định kỷ luật, phạt các câu lạc bộ, huấn luyện viên, cầu thủ do mắc nhiều lỗi vi phạm, cụ thể như sau:
Đình chỉ làm nhiệm vụ đến hết giải và phạt 2.500.000 đồng đối với ông Nguyễn Đức Thắng, huấn luyện viên phó; cảnh cáo và phạt 2.000.000 đồng đối với ông Nguyễn Hồng Sơn, huấn luyện viên trưởng của đội bóng đá U19 Viettel vì đã có lời lẽ thô tục lăng mạ và hăm dọa trọng tài trong trận đấu giữa hai đội bóng U19 Megastar E&C Nam Định gặp đội U19 Viettel ngày 3/2 trên sân vận động Thủy Nguyên, Hải Phòng.
Cảnh cáo và phạt 3.750.000 đồng đối với ban tổ chức trận đấu đội bóng đá U19 Ximăng Hải Phòng vì đã để khán giả đốt pháo sáng trong trận đấu giữa hai đội U19 Ximăng Hải Phòng gặp U19 Viettel ngày 5/2 trên sân vận động Thủy Nguyên.
Đối với đội bóng U19 của Trung tâm bóng đá Hải Phòng, ban tổ chức giải đã đình chỉ thi đấu 4 trận kế tiếp và phạt 1.250.000 đồng đối với cầu thủ Dương Thế Đoàn (số 15); áp dụng mức đình chỉ thi đấu 3 trận kế tiếp và phạt 1.250.000 đồng đối với ba cầu thủ là Trần Duy Nam (số 7), Vũ Văn Tùng (số 1), Hoàng Minh Nhật (số 2) vì đã có hành vi bạo lực trong trận đấu U19 SHB Đà Nẵng gặp U19 Trung tâm bóng đá Hải Phòng ngày 22/2 trên sân vận động Quy Nhơn, Bình Định. Cầu thủ Nguyễn Văn Thạnh (số 6) của đội bóng đá U19 SHB Đà Nẵng cũng phải chịu phạt 1.250.000 đồng, nghỉ ra sân trong 3 trận kế tiếp với lý do tương tự./.