Chính phủ đã ban hành Nghị định số 199/2013/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý Nhà nước các ngành, lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, diêm nghiệp, thủy sản, thủy lợi và phát triển nông thôn trong phạm vi cả nước; quản lý nhà nước các dịch vụ công trong các ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Bộ.
Về nông nghiệp (trồng trọt, chăn nuôi), Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có nhiệm vụ chỉ đạo xây dựng, kiểm tra thực hiện quy hoạch phát triển vùng cây trồng, vùng chăn nuôi tập trung, sản xuất nông sản thực phẩm an toàn; kế hoạch sử dụng, bảo vệ và cải tạo nâng cao độ phì đất nông nghiệp; chống xói mòn, sa mạc hóa và sạt lở đất.
Bộ chỉ đạo, hướng dẫn thực hiện sử dụng ngân sách cho các chương trình phòng, chống, khắc phục hậu quả dịch bệnh trên động vật, thực vật; chỉ đạo thực hiện về cơ cấu cây trồng, vật nuôi; kỹ thuật gieo trồng, chăn nuôi, thu hoạch, bảo quản và tổng kết, đánh giá thực hiện kế hoạch sản xuất trồng trọt, chăn nuôi hàng năm; chỉ đạo thực hiện các nhiệm vụ quản lý Nhà nước về giống cây trồng nông nghiệp, giống vật nuôi nông nghiệp, phân bón, thức ăn chăn nuôi, bảo vệ và kiểm dịch thực vật, thú y theo quy định của pháp luật.
Về lâm nghiệp, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra thực hiện quy định của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về cơ chế, chính sách phát triển lâm nghiệp; quy chế quản lý rừng, chế độ quản lý, bảo vệ những loại thực vật, động vật rừng nguy cấp, quý hiếm và danh mục những loài thực vật, động vật rừng nguy cấp, quý hiếm theo quy định của pháp luật.
Bộ chủ trì, phối hợp với Bộ, ngành liên quan quản lý hệ thống rừng đặc dụng, bảo vệ hệ sinh thái rừng, các loài sinh vật rừng theo quy định của pháp luật.
Bộ chỉ đạo thực hiện các nhiệm vụ quản lý nhà nước về quản lý rừng; phát triển rừng, bảo vệ rừng, sử dụng rừng, khai thác, chế biến lâm sản, giống cây trồng lâm nghiệp...
Về thủy lợi, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thực hiện các nhiệm vụ quản lý Nhà nước về quy hoạch phòng, chống lũ của tuyến sông có đê, quy hoạch đê điều, đầu tư xây dựng, tu bổ, nâng cấp và kiên cố hóa đê điều; quản lý, bảo vệ đê, hộ đê và sử dụng đê điều quy định tại Luật Đê điều và theo quy định của pháp luật; thực hiện các nhiệm vụ quản lý Nhà nước về an toàn đập, các hồ chứa nước thủy lợi theo quy định của pháp luật.
Về phát triển nông thôn, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có nhiệm vụ chỉ đạo, triển khai thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới; chương trình, dự án xóa đói giảm nghèo theo phân công của Chính phủ.
Bộ chủ trì, hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện bố trí dân cư, di dân tái định cư các công trình thủy lợi, thủy điện; bố trí ổn định dân cư các vùng thiên tai, đặc biệt khó khăn, biên giới hải đảo, vùng nước biển dâng do tác động của biến đổi khí hậu, di cư tự do, vùng xung yếu, rất xung yếu của rừng phòng hộ, rừng đặc dụng; chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra thực hiện công tác định canh, bố trí dân cư trong nông thôn, vùng dân tộc thiểu số và miền núi theo quy hoạch phát triển kinh tế-xã hội của đất nước...
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có 26 đơn vị trực thuộc.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/1/2014. Nghị định này thay thế Nghị định số 01/2008/NĐ-CP của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Nghị định số 75/2009/NĐ-CP của Chính phủ sửa đổi điều 3 Nghị định số 01/2008/NĐ-CP; bãi bỏ các quy định trước đây trái với nghị định này./.