Nhiều nguồn nước thải không qua xử lý của các khu đô thị lớn, các khu cụm côngnghiệp, làng nghề trên địa bàn tỉnh đổ vào dòng sông. Nguy hiểm hơn, có nơi rácthải sinh hoạt, rác thải nguy hại làng nghề, vật liệu xây dựng đổ phủ kín haibên bờ sông.
Ngoài ra, chất thải chăn nuôi của hàng trăm trang trai nuôi lợn, gà cũng xảthẳng xuống sông. Nhiều đoạn do rác thải quá nhiều khiến cho dòng chảy bị thuhẹp, gây tắc nghẽn khi có mưa lớn.
Theo điều tra của Sở Tài nguyên và Môi trường, mỗi ngày có ít nhất từ 34.000-43.000m3 nước thải và hàng trăm tấn rác thải đổ về sông Phan. Qua kiểm tra, nồng độBOD5 vượt từ 1,9 đến 2,2 lần; nồng độ COD vượt từ 2,6 đến 2,8 lần; Amoni vượt từ1,2 đến 1,6 lần so với tiêu chuẩn QCVN 08.
Trước đây, sông Phan là con sông lớn, là tuyến giao thông thủy quan trọng. Chấtlượng nước sông rất tốt, có thể khai thác được rất nhiều loại tôm cá, nước sônglà nguồn nước sinh hoạt chính của hàng chục ngàn hộ dân. Các vùng đất ngập nướcthuộc lưu vực sông Phan có giá trị rất lớn với những hệ sinh thái quí giá.
Với lưu vực rộng trên 800km2, dòng chảy chính sông Phan tiếp nhận phần lớn lượngnước mưa của toàn bộ sườn phía nam của dãy Tam Đảo, dẫn nước qua hầu hết các đô thị và khu công nghiệp chính của tỉnh Vĩnh Phúc.
Vĩnh Phúc chủ trương đầu tư 32 tỷ đồng hỗ trợ làm giảm thiểu ô nhiễm môi trườngở 15 xã khu vực nông thôn và khu vực sông Phan.
Từ nguồn kinh phí này, tỉnh đầu tư mua sắm 2.000 xe kéo hoặc xe đẩy để thu gom,vận chuyển rác thải, mua ba xe ôtô tải ben loại 2,5 tấn để chở rác, xây dựng2.700 điểm tập kết và trung chuyển rác thải ở 15 xã... để "cứu" sông Phan./.