Qua đơn thư khiếu nại và tố cáo của quần chúng với ông Khánh, Đảng ủy khối cáccơ quan tỉnh Đắk Nông tiến hành kiểm tra và đưa ra kiểm điểm trước Chi bộ Chicục Quản lý thị trường tỉnh.
Sau khi phân tích những khuyết điểm, nguyên nhân dẫn đến sai phạm, Đảng ủykhối các cơ quan tỉnh Đắk Nông ra quyết định kỷ luật với hình thức khiển tráchvề Đảng viên đối với ông Trần Khánh.
Những sai phạm của ông Trần Khánh có nhiều vấn đề nhưng nổi cộm nhất là viphạm quy chế dân chủ, vi phạm chế độ tài chính về mua sắm tài sản, chỉ định nhàthầu xây dựng công trình cơ quan không công khai và không đúng quy định của Nhànước về chế độ đấu thầu các công trình xây dựng bằng ngân sách Nhà nước
Xét thấy, ông Trần Khánh không đủ năng lực, uy tín lãnh đạo thấp, Chủ tịch Ủyban Nhân dân tỉnh Đắk Nông ra Quyết định số 1722 ngày 24/1/2013 cho thôi chức vụChi cục trưởng Chi cục Quản lý thị trường, chuyển ông Trần Khánh về Sở Côngthương tỉnh để chờ phân công nhiệm vụ mới.
Ông Trần Khánh được Chủ tịch Ủy ban Nhân dân tỉnh bổ nhiệm chức vụ Chi cụctrưởng Chi cục Quản lý thị trường tỉnh vào tháng 8/2012./.