Theo Nghị định số 355/2026/NĐ-CP ban hành ngày 11/9/2026, Bộ Nông nghiệp và Môi trường có 28 đơn vị trực thuộc, gồm:
1. Vụ Hợp tác quốc tế;
2. Vụ Kế hoạch-Tài chính;
3. Vụ Khoa học và Công nghệ;
4. Vụ Pháp chế;
5. Vụ Tổ chức cán bộ;
6. Văn phòng bộ;
7. Cục Chuyển đổi số;
8. Cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật;
9. Cục Chăn nuôi và Thú y;
10. Cục Thủy sản và Kiểm ngư;
11. Cục Lâm nghiệp và Kiểm lâm;
12. Cục Quản lý và Xây dựng công trình thủy lợi;
13. Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai;
14. Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn;
15. Cục Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường;
16. Cục Quản lý đất đai;
17. Cục Quản lý tài nguyên nước;
18. Cục Môi trường;
19. Cục Biến đổi khí hậu;
20. Cục Bảo tồn thiên nhiên và Đa dạng sinh học;
21. Cục Khí tượng Thủy văn;
22. Cục Biển và Hải đảo Việt Nam;
23. Cục Đo đạc, Bản đồ và Thông tin địa lý Việt Nam;
24. Cục Viễn thám quốc gia;
25. Viện Chiến lược, Chính sách nông nghiệp và môi trường;
26. Báo Nông nghiệp và Môi trường;
27. Tạp chí Nông nghiệp và Môi trường;
28. Trung tâm Khuyến nông quốc gia.
Nghị định có hiệu lực thi hành từ ngày 15/9/2026./.