Theo đó, Lệ phí bay qua vùng trời, đi qua vùng đất, vùng biển trong Lệ phíquản lý nhà nước đặc biệt về chủ quyền quốc gia có thêm các lệ phí sau: lệ phícấp phép bay; hàng hóa, hành lý, phương tiện vận tải quá cảnh; cấp phép hoạtđộng khảo sát, thiết kế, lắp đặt, sửa chữa, bảo dưỡng các công trình thông tin,bưu điện, giao thông vận tải đi qua vùng đất, vùng biển của Việt Nam; cấp phéplên bờ cho thuyền viên nước ngoài; cấp giấy phép xuống tàu nước ngoài; cấp giấyphép cho người điều khiển Việt Nam cặp mạn tàu nước ngoài; lệ phí cấp giấy phépcho người Việt Nam và người nước ngoài thực hiện các hoạt động báo chí, nghiêncứu khoa học, tham quan du lịch có liên quan đến tàu, thuyền nước ngoài.
Nghị định có hiệu lực thi hành từ 1/3/2012./.